Euskadiko GGKEen Koordinakundearen organo nagusia Batzorde Orokorra da. Urtean behin batzen da urteko oinarrizko irizpide eta jarduera ildoak zehazteko. Bestalde, Batzorde Orokorrean hautatzen dira instantzietako ordezkari izango diren karguak.
Batzorde Orokorra urtean behin (gutxienez) batzen denez, Gobernu Batzordea da Koordinakundearen organo exekutiboa. Hilean behin egiten diren lurralde batzordeetan hartutako erabakiek aholkatzen dute Gobernu Batzordea eta batzordeetako erabakiak betearaztea du helburu.
Gainera, lana eragingarriagoa izan dadin, lurralde bakoitzean lan-talde operatiboekin lan egiten da. Lan-talde hauek talde txikiak dira eta GGKE guztientzat irabazasmorik gabe lan egiten duten hainbat GGKEetako kideez osaturik dago.
Euskal erakunde publikoen lankidetzako politika publikoen segimendua gauzatzen du. Politikak egitean tartean diren eragile nagusiekin harreman egonkor eta errazak ezartzen ditu (besteak beste, arduradun politikoak, alderdiak eta bestelako gizarte eragileak). Antzeko erakundeen bestelako ekimenekiko koordinazioa dinamizatzen du, nazio mailan, Estatuan eta nazioartean.
Koordinakundearen barruan generoaren ikuspegia instituzionaliza dadin zaintzen du eta erakunde publikoen aurrean genero arloan lan egiten du. Genero ekitatearen inguruko gaietan laguntza eta prestaketa ematen du hiru lurraldeetako GGKEekin eta bestelako gizarte eragile edo eragile pribatuekin.
Gure inguruan gizarte eraldaketa gauza dadin bultzatzen du, eta herritarren artean elkartasunaren kultura sustatzen du. Horretarako, desberdintasuna eta txirotasuna sortzen duten egiturak alda daitezen eragiten du eta parte‑hartzea eta garapen eredu horren gaineko eztabaida errazten ditu.
Koordinakundearen barne eta kanpo komunikazio estrategiak diseinatzen ditu. Hedabideekin komunikazio ekintzak gauzatzen ditu Koordinakundearen informazioak eta jarduerak zabaltze aldera. Gainera, komunikatzeko bestelako tresnak ere kudeatzen ditu, hala nola, webgunea, asteroko buletin elektronikoa, sare sozial desberdinak, Ahotsa argitalpena, eta abar.
Era berean, Jokabide Kodeari jarraipena emateko Taldea ere badago. Jendearentzako zerbitzu bat ere badu, partikular, erakunde publiko zein pribatu, hedabide, ikastetxe eta abarren eskabideei erantzuteko, horrez gain, GGKEaren eta Koordinakundearen ekimen eta informazioak ere plazaratzen ditu.