El órgano principal de la Coordinadora de ONGD de Euskadi es la Asamblea General que se reúme anualmente para establecer los criterios básicos y las áneas de actuación para cada año. Así mismo es, en la Asamblea General, donde se procede a la elección de los cargos que la representarán en las diferentes instancias en las que sea requerida su presencia.
Dado que la Asamblea General se reúne, al menos una vez al año, la Junta de Gobierno, es el órgano ejecutivo de la Coordinadora, asesorado y respaldado por las decisiones que se adoptan las diferentes asambleas territoriales mensuales.
Además, y por hacer más operativo el trabajo, en cada territorio, se trabaja en base a equipos de trabajo; grupos reducidos integrados por miembros de distintas ONGD que trabajan desinteresadamente para el conjunto de las ONGD, actualmente en las siguientes áreas:
Diseña y ejecuta las estrategias de comunicación externa e interna de la Coordinadora. Lleva a cabo acciones de comunicación con los medios para difundir las informaciones y actividades de la Coordinadora. Gestiona, además, otras herramientas de comunicación como la página web, el boletín electrónico de actividades, diversas redes sociales y la publicación Ahotsa, entre otras.
Existe, asimismo, una Comisión de Seguimiento del Código de Conducta. La Coordinadora cuenta también con un servicio al público desde el que se atiende a las demandas que solicitan particulares, instituciones públicas y privadas, medios de comunicación, centros educativos..., además de coordinar y difundir charlas, jornadas o exposiciones realizadas por las ONGD y la Coordinadora.