El órgano principal de la Coordinadora de ONGD es la Asamblea General que se reúme anualmente para establecer los criterios básicos y las áneas de actuación para cada año. Así mismo es, en la Asamblea General, donde se procede a la elección de los cargos que la representarán en las diferentes instancias en las que sea requerida su presencia.
Dado que la Asamblea General se reúne, al menos una vez al año, la Junta de Gobierno, es el órgano ejecutivo de la Coordinadora, asesorado y respaldado por las decisiones que se adoptan las diferentes Asambleas territoriales mensuales
Además, y por hacer más operativo el trabajo, en cada territorio, se trabaja en base a equipos de trabajo; grupos reducidos integrados por miembros de distintas ONGD que trabajan desinteresadamente para el conjunto de las ONGD, actualmente en las siguientes áreas:
Lleva a cabo el seguimiento a las políticas públicas de cooperación de las instituciones públicas vascas. Establece relaciones estables y fluidas con los actores principales involucrados en la elaboración de las políticas (responsables políticos, partidos, otros agentes sociales). Dinamiza la Coordinación con otras iniciativas de organizaciones similares a nivel nacional, estatal e internacional. Apoya también al equipo de trabajo sobre Políticas de Cooperación a elaborar la estrategia de Incidencia Política de la Coordinadora: debate y elaboración de los posicionamientos al interior de la Coordinadora sà como establecimiento de alianzas con otros colectivos sociales y políticos.
Dinamiza, coordina y apoya al grupo de género de la Coordinadora. Representa a la Coordinadora, en el apoyo y formación en temas de equidad de género con las ONGD de los 3 territorios y otros agentes sociales o particulares. Vela por la institucionalización de la perspectiva de género al interior de la propia Coordinadora y trabaja con el área de incidencia política en materia de género ante instituciones públicas.
Impulsa la transformación social en nuestro entorno, fomentando entre la ciudadanía una cultura de la solidaridad, promoviendo el cambio de estructuras que generan desigualdad y pobreza, facilitando la participación y el debate sobre nuestro modelo de desarrollo.
Diseña y ejecuta las estrategias de comunicación de la Coordinadora. Para ello implementa planes de comunicación interna entre las ONGD y la Coordinadora y desarrolla planes de comunicación externa para difundir a la sociedad las acciones de la Coordinadora a través de los medios de comunicación. Además, gestiona las herramientas de comunicación: página Web, redacción de boletines internos y externos, redacción de notas de prensa así como materiales de identidad corporativa.
Existe, asimismo, una Comisión de Seguimiento del Código de Conducta. La Coordinadora cuenta también con un servicio al público desde el que se atiende a las demandas que solicitan particulares, instituciones públicas y privadas, medios de comunicación, centros educativos..., además de coordinar y difundir charlas, jornadas o exposiciones realizadas por las ONGD y la Coordinadora.